Des bactéries comme les E-coli se propulsent à l’aide d’une assemblée de flagelles en rotation attachée à leur corps. La chiralité de leurs flagelles leur permet de briser la symétrie et ainsi de nager en absence d’inertie. L’ensemble corps et flagelles constitue aussi une forme complexe qui en présence d’écoulements peut induire des réorientations de bactéries. Nous allons présenter des expériences modèles effectuées dans des géométries microfluidiques pour élucider comment ces interactions entre micronageur et écoulement déterminent le transport de bactéries. Une technique de suivi Lagrangien en 3D nous permet d’observer des trajectoires complexes pendant des durées longues. Nous allons démontrer que les bactéries nagent à contre-courant sous certaines conditions le long de surfaces entrainant des contaminations sur des distances longues. Des trajectoires oscillantes ou une dérive vers la droite ou la gauche sont aussi observées et liées à la chiralité des flagelles. La compréhension de ces phénomènes permet de développer des applications biomédicales de séparation ou de dépollution des sols.